日职联有升降级，日职联包括J1联赛、J2联赛和J3联赛，这些联赛之间实行升降级制度，以确保联赛的竞争性和活力。具体来说，J1联赛排名最后三名的球队将直接降级至J2联赛。J2联赛的前两名球队将直接升入J1联赛，而第3至第6名的球队将参与附加赛，通过附加赛决出一个升级名额。这意味着J2联赛每年将有3支球队升入J1联赛。J3联赛的前两名球队将直接升入J2联赛，与J2联赛类似，J3联赛的第3至第6名球队也将参与附加赛，以决出一个额外的升级名额。
新赛季日职联还进行了改革，三级联赛均变为20队规模，同时升降级制度也有所调整。J1、J2联赛的升降级规则保持不变，而J3联赛增设了升级附加赛。J1后三名球队将直接降级，不再设有降级附加赛。J2前两名球队将直升J1，3至6名的球队将通过附加赛决出最后一个升级名额;而J2后三名将直接降入J3。J3前两名球队将直升J2，最后一个升级名额同样由3至6名的球队通过附加赛决出。降级方面，若JFL的冠军有职业联赛牌照，J3末位球队将降入JFL2。
2024赛季的日联杯将有重大的改动，允许日职联、日职乙和日职丙三级联赛的共60支球队参加。赛制将完全取消传统小组赛，全程以单回合或两回合较量决出晋级者。比赛分为淘汰赛第一轮、淘汰赛附加赛和淘汰赛正赛三个阶段。淘汰赛第一轮将由三级联赛的57支球队参加，以2023赛季的最终排名为依据分为10个小组，组内按联赛级别高低的顺序进行单场淘汰制比赛。淘汰赛附加赛的参赛队伍为第一轮杀出重围的十支球队，经过抽签后，两两一组进行主客场两回合较量，最终决出进入淘汰赛正赛的五个名额。淘汰赛正赛的参赛队伍为附加赛获胜的五支球队加上特定球队，1/4决赛与半决赛均采取两回合主客场比赛的赛制，决赛则是在中立场地一场定胜负。
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